Институт биологии внутренних вод расположен в поселке Борок Некоузского района Ярославской области на берегу Рыбинского водохранилища. Проехать в Борок можно от Ярославля, Москвы (с Белорусского вокзала) и Санкт-Петербурга по Северной железной дороге до станции Шестихино, далее 15 км рейсовым автобусом или маршрутным такси.